Jusqu’à la Première Guerre mondiale, d’importantes fouilles conduites par l’École française d'Athènes, sous les directions de Th. Homolle puis de M. Holleaux, dégagèrent une très grande partie de la ville antique, à commencer par le sanctuaire d’Apollon et ses abords, puis des dizaines d’autres sanctuaires, le théâtre, des établissements gymniques, des espaces de commerce, des boutiques, des entrepôts, des infrastructures portuaires et plusieurs quartiers d’habitations. D’autres fouilles plus ponctuelles ont été réalisées durant les cent dernières années par l’EFA et le Service archéologique grec, en particulier dans plusieurs maisons et dans des monuments dégagés précédemment en vue de leur étude et de leur publication. Cette exploration extensive a fait de Délos l’une des villes antiques les mieux connues de l’ensemble du bassin méditerranéen. À ces vestiges bien conservés s’ajoutent d’importantes découvertes de sculptures, de mosaïques, de peintures murales et de matériel archéologique en tout genre, ainsi qu’un corpus d’inscriptions d’une ampleur exceptionnelle.
Forte d'une connaissance ancienne et complète du site, l'EFA a créé la collection Exploration archéologique de Délos pour présenter toutes ces découvertes fascinantes et permettre une meilleure compréhension de l'histoire et de la culture de cette ancienne cité grecque.