Agrégé d'histoire et titulaire d'un DEA dans cette discipline, Nicolas Eybalin est diplômé de l'Institut d'études politiques de Paris et ancien élève de l'École normale supérieure de Fontenay-aux-Roses et de l'École nationale d'administration. Il est actuellement conseiller de coopération et d’action culturelle auprès de l’ambassade de France en Grèce et directeur de l’Institut français de Grèce.